Sredstva za opremanje Zavoda osigurala je najvećim dijelom Vlada Hercegbosanske županije. Dio sredstava za opremanje mikrobiološkog laboratorija osigurala je Češka razvojna agencija u sklopu projekta „Održiva proizvodnja tradicionalnog domaćeg livanjskog sira“, a sredstva za opremanje dijagnostičkog laboratorija osigurala je Vlada Republike Hrvatske u kroz projekt „Zaštita pučanstva Hercegbosanske županije od bruceloze utvrđivanjem i uklanjanjem oboljelih životinja kao glavnih izvora infekcije“, uz sufinanciranje Vlade Hercegbosanske županije.
Dana 3.9.2018. godine Odlukom o uvođenju standarda broj 08-07-42-28/18 počele su aktivnosti Zavoda u cilju akreditacije, sukladno standardu BAS EN ISO/IEC 17025:2018 (Opći zahtjevi za kompetentnost ispitnih i kalibracijskih laboratorija), kao i standardima za izvođenje pojedinih metoda ispitivanja, a sve u svrhu ovlaštenja i akreditacije od strane nadležnih organa i institucija.
Radi udovoljavanja zahtjevima za kompetentnost osoblja Zavoda kontinuirano se provode edukacije i stručna osposobljavanja kako u laboratorijima Zavoda tako i u drugim Laboratorijama i ustanovama, te provjere stručnosti osoblja kroz sudjelovanje u testoima osposobljavanja na međunardonoj razini (PT-testovi).
Tijekom 2020. godine Laboratoriji za mikrobiologiju hrane, vode i hrane za životinje i Laboratorij za mikrobiologiju i kakvoću sirovog mlijeka dobili su ovlaštenje za izvođenje laboratorijskih metoda i ovlaštenje za analizu sirovog mlijeka u sustavu otkupa Federalnog ministarstva poljoprivrede, vodoprivrede i šumarstva, te je pokrenut postupak akreditacije navedenih laboratorija. Krajem 2020. godine podnesen je zahtjev za ovlaštenje Laboratorija za dijagnostiku zaraznih, parazitarnih i drugih bolesti životinja i zoonoza.
Zahtjev za odobravanje akreditacije za područje rada LI 2. (fizikalno kemijska-ispitivanja) - podpodručje LI 2.1. (hrana) kao i područje rada LI 3. (mikrobiološka ispitivanja) - podpodručje LI 3.8. (mikrobiologija lanca hrane) podnešen je Institutu za akreditiranje BiH dana 30.12.2020. godine. Nakon ocjenjivanja na licu mjesta 11.2. i 12.2.2021. godine i uklanjanja utvrđenih neusuglašenosti, rješenjem broj UP1-05-44-1-121-23/20 od 4.5.2021. godine Zavodu za hranu i veterinarstvo odobrena je akreditacija za zahtjevano područje rada.